麝香鼠毛色似水獭。背毛棕褐或棕黄色。在阳光照射下，有金色的光泽。脊背毛色略深，呈暗棕至栗棕色，个别个体呈深棕色。体侧稍浅。腹毛浅棕灰色，毛基青灰色。四肢棕褐色。胡须基部黑色，须尖棕黄。幼体色深，为灰褐色或青灰色。

头骨棱角鲜明。眶间极度收缩，两侧眶间嵴愈合，形成一个十分尖锐的中嵴，向后延伸，达到鳞骨突的水平线。左右两侧颞嵴在颅室上面彼此靠近，成体人字嵴粗大。鳞骨突十分显著。吻部较粗。鼻骨相对较长，约点颅全长的1/3，但其前端却未达到门齿面，短于门齿面约0.7mm。颧弓背面呈锐嵴状。门齿孔窄，却较长。听泡较小，里面没有多少海绵组织。腭骨后缘没有特化。在田鼠属的那种斜置的骨桥已近乎消失，仅在腭骨后缘有一个短的棘突，后侧窝极小。顶间骨小。枕孔大。