麝香鼠陆地栖居，在水中能游泳和潜水，是半水栖的兽类。多起居在芦苇、香蒲等挺水植物丛生、水流平缓、适于筑窝的江湾、河汊、浅水小湖塘(水深约0.3-1米)及常年积水，有池塘(俗称"水泡子")的沼泽甸子中。土质适宜于筑洞的岸边，就筑洞;难以筑洞的地区，如苇塘或沼泽地，就筑巢。

麝香鼠常栖居在低洼地带、沼泽地、湖泊、河流、池塘两岸，这些地方水草茂盛，环境清静。它们的洞穴主要分布在岸边，在浅水的芦苇和香蒲的草丛中，也有的在水上飘筏的物体上筑巢。洞穴是分枝的，有许多盲道分叉，其中有几个粮仓，贮存饲料并有几个通道直通向有水的地方。

麝鼠的形态虽适宜游泳和潜水，但在陆地上，却移动极不灵活，因此它们多在黄昏和夜晚活动。它们起居的水体，常出现被咬断后漂浮在水面的植物，在岸边它们通过的跑道附近，有20-30mm长的深绿色粪便，堆放成堆。